黃體酮膠丸和其他黃體酮藥物一樣，有副作用。包括：

1、突破性出血、陰道點狀出血。

2、宮頸分泌物性狀改變，并容易發生陰道霉菌感染。

3、乳房腫脹。

4、惡心，頭暈頭痛，疲倦，發熱，失眠。

5、偶爾肝功能異常。

6、體重的明顯變化以及身體浮腫等。

7、阻塞性黃疽。

8、在孕早期使用過量的話胎兒脊柱、肛門、四肢等部位發生畸形的危險可增加8倍。

9、經常使用黃體酮可引起子宮內膜萎縮、月經量減少，并容易發生陰道霉菌感染等現象。

10、使用人工合成孕酮的孕婦女性胎兒會出現男性化的狀況。