關于性染色體異常的原因這個問題，沒有確切的原因，可能是因陰道閉鎖或陰道中隔等先天因素引起性交障礙或困難，從而影響精子進入女方生殖道。再者，由于霉菌、滴蟲、淋球菌等感染造成陰道炎癥改變了陰道生化環境，降低精子活動力和生存能力，從而影響受孕機會。也有內分泌因素和輸卵管因素等等。